Od útoku na úkryt Aogiri uplynulo pol roka a mnohé sa zmenilo. Kaneki s pomocou Bandžóa a Labužníka pátra po doktorovi Kanóovi, zatiaľ čo ÚPG posilňujú noví inšpektori. Tokijský ghúl 9 pokračuje v príbehu plnom napätia a konfliktu medzi ghúlmi a ÚPG.